Background: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), extended-spectrum beta-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli and vancomycin-resistant enterococci (VRE) are important hospital pathogens in Canada and worldwide.
Objectives: To genotypically and phenotypically characterize the isolates of MRSA, VRE and ESBL-producing E coli collected from patients in Canadian intensive care units (ICUs) in 2005 and 2006.
Methods: Between September 1, 2005, and June 30, 2006, 19 medical centres participating in the Canadian National Intensive Care Unit (CAN-ICU) study collected 4133 unique patient isolates associated with infections in ICUs. Isolates of MRSA underwent mecA polymerase chain reaction (PCR) and Panton-Valentine leukocidin analysis; they were typed using pulsed-field gel electrophoresis. All isolates of E coli with ceftriaxone minimum inhibitory concentrations greater than or equal to 1 mug/mL were tested for the presence of an ESBL using the Clinical Laboratory Standards Institute double-disk diffusion method. Subsequently, PCR and sequence analysis were used to identify bla(SHV), bla(TEM) and bla(CTX-M). Isolates of VRE were tested for the presence of vanA and vanB genes by PCR.
Results: Of the 4133 ICU isolates collected, MRSA accounted for 4.7% (193 of 4133) of all isolates. MRSA represented 21.9% (193 of 880) of all S aureus collected during the study; 90.7% were health care-associated MRSA strains and 9.3% were community-associated MRSA strains. Resistance rates for the isolates of MRSA were 91.8% to levofloxacin, 89.9% to clarithromycin, 76.1% to clindamycin and 11.7% to trimethoprim-sulfamethoxazole; no isolates were resistant to vancomycin, linezolid, tigecycline or daptomycin. ESBL-producing E coli accounted for 0.4% (18 of 4133) of all isolates and 3.7% (18 of 493) of E coli isolates. All 18 ESBL-producing E coli were PCR-positive for CTX-M, with bla(CTX-M-15) occurring in 72% (13 of 18) of isolates. All ESBL-producing E coli displayed a multidrug-resistant phenotype (resistant to third-generation cephalosporins and one or more other classes of antimicrobials), with 77.8% of isolates resistant to ciprofloxacin, 55.6% resistant to trimethoprim-sulfamethoxazole, 27.8% resistant to gentamicin and 26.3% resistant to doxycycline; all isolates were susceptible to ertapenem, meropenem and tigecycline. VRE accounted for 0.4% (17 of 4133) of all isolates and 6.7% (17 of 255) of enterococci isolates; 88.2% of VRE had the vanA genotype. Isolated VRE that were tested were uniformly susceptible to linezolid, tigecycline and daptomycin.
Conclusions: MRSA isolated in Canadian ICUs in 2005 and 2006 was predominately health care-associated (90.7%), ESBL-producing E coli were all CTX-M producers (72% bla(CTX-M-15)) and VRE primarily harboured a vanA genotype (88.2%). MRSA, ESBL-producing E coli and VRE were frequently multidrug resistant.
HISTORIQUE: Le staphylocoque doré méthicillinorésistant (SARM), l’Escherichia coli producteur de bêta-lactamase à large spectre (BELS) et l’entérocoque vancomycinorésistant (EVR) sont des pathogènes importants dans les hôpitaux du Canada et d’ailleurs dans le monde.
OBJECTIFS: Caractériser le génotype et le phénotype des isolats de SARM, d’EVR et d’E coli producteur de BELS prélevés chez des patients hospitalisés dans des unités de soins intensifs (USI) du Canada entre 2005 et 2006.
MÉTHODOLOGIE: Entre le 1er septembre 2005 et le 30 juin 2006, 19 centres médicaux participant à l’étude sur les unités de soins intensifs au Canada ont prélevé 4 133 isolats uniques chez des patients, associés à des infections à l’USI. Les isolats de SARM ont subi une réaction en chaîne de la polymérase mecA (PCR) et une analyse de la leucocidine de Panton-Valentine et ont été typés par électrophérèse en champ pulsé. Tous les isolats d’E coli dont la concentration inhibitoire minimale de ceftriaxone était supérieure ou égale à 1 ug/L ont fait l’objet de tests pour déceler la présence de BELS au moyen de la méthode de diffusion à double disque du Clinical Laboratory Standards Institute. Par la suite, le PCR et l’analyse de séquence ont permis de repérer le blaSHV, le blaTEM et le blaCTXT-M. Les isolats d’ERV ont fait l’objet de tests pour déceler la présence de gènes vanA et vanB par PCR.
RÉSULTATS: Parmi les 4 133 isolats prélevés à l’USI, le SARM représentait 4,7 % (193 sur 4 133) de tous les isolats et 21,9 % (193 sur 880) de tous les cas de staphylocoque doré prélevés pendant l’étude, dont 90,7 % étaient des souches de SARM associées au système de santé et 9,3 %, des souches non nosocomiales. Les isolats de SARM résistaient à un taux de 91,8 % à la lévofloxacine, de 89,9 % à la clarithromycine, de 76,1 % à la clindamycine et de 11,7 % au triméthoprim-sulfaméthoxazole. Aucun isolat n’était résistant à la vancomycine, au linézolide, à la tigécycline ou à la daptomycine. L’E coli producteur de BELS représentait 0,4 % (18 sur 4 133) de tous les isolats et 3,7 % (18 sur 493) des isolats d’E coli. Les 18 cas d’E coli producteurs de BELS étaient PCR-positifs au CTX-M, le blaCTX-M-15 se produisant dans 72 % (13 sur 18) des isolats. Tous les cas d’E coli producteurs de BELS possédaient un phénotype multirésistant (résistant aux céphalosporines de troisième génération et à au moins une autre classe d’antimicrobiens), 77,8 % des isolats étant résistants à la ciprofloxacine, 55,6 % au triméthroprim-sulfaméthoxazole, 27,8 % à la gentamicine et 26,3 % à la doxycycline. Tous les isolats étaient susceptibles à l’ertapénem, au méropénem et la tigécycline. L’ERV représentait 0,4 % (17 sur 4 133) de tous les isolats et 6,7 % (17 sur 255) des isolats d’entérocoque, tandis que 88,2 % des cas d’ERV étaient dotés du génotype vanA. Les ERV isolés ayant fait l’objet d’un test possédaient la même susceptibilité au linézolide, à la tigécycline et à la daptomycine.
CONCLUSIONS: Le SRAM isolé dans les USI canadiennes en 2005 et 2006 s’associait surtout au système de santé (90,7 %), l’E coli producteur de BELS était toujours producteur de CTX-M (72 % blaCTX-M-15) et l’EVR hébergeait surtout un génotype vanA (88,2 %). Le SRAM, l’E coli producteur de BELS et l’EVR étaient souvent multirésistants.
Keywords: CAN-ICU; ESBL E coli; Intensive care; MRSA; Resistance; VRE.