Geographic HIV type 1 subtype distribution in Rakai district, Uganda

AIDS Res Hum Retroviruses. 2009 Oct;25(10):1045-8. doi: 10.1089/aid.2009.0127.

Abstract

To analyze HIV-1 subtype distribution, sequence analysis was performed on serum specimens obtained in 1994 from the Rakai Health Sciences community cohort in Uganda. Portions of gag-p24 and env-gp41 were sequenced and HIV subtype was determined for 773 subjects residing in 10 community clusters in rural Uganda. Subtypes A (17%) and D (70%) were the most common strains in the population. Subtype distribution varied by geographic region with significantly more subtype A in northern community clusters compared with southern clusters (21% vs. 8%, p < 0.001) and more subtype D in southern clusters compared with northern clusters (78% vs. 65%, p < 0.008). These data illustrate the geographic complexity of subtype variation, which has important implications for HIV-1 vaccine design.

Publication types

  • Research Support, N.I.H., Intramural

MeSH terms

  • Adolescent
  • Adult
  • Animals
  • Female
  • Genotype
  • Geography
  • HIV Envelope Protein gp41 / genetics
  • HIV Infections / epidemiology*
  • HIV Infections / virology*
  • HIV-1 / classification*
  • HIV-1 / genetics*
  • HIV-1 / isolation & purification
  • Humans
  • Male
  • Middle Aged
  • Molecular Sequence Data
  • Rural Population
  • Sequence Analysis, DNA
  • Uganda / epidemiology
  • Young Adult
  • gag Gene Products, Human Immunodeficiency Virus / genetics

Substances

  • HIV Envelope Protein gp41
  • gag Gene Products, Human Immunodeficiency Virus

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