CACTA-like transposable element in ZmCCT attenuated photoperiod sensitivity and accelerated the postdomestication spread of maize

Proc Natl Acad Sci U S A. 2013 Oct 15;110(42):16969-74. doi: 10.1073/pnas.1310949110. Epub 2013 Oct 2.

Abstract

The postdomestication adaptation of maize to longer days required reduced photoperiod sensitivity to optimize flowering time. We performed a genome-wide association study and confirmed that ZmCCT, encoding a CCT domain-containing protein, is associated with the photoperiod response. In early-flowering maize we detected a CACTA-like transposable element (TE) within the ZmCCT promoter that dramatically reduced flowering time. TE insertion likely occurred after domestication and was selected as maize adapted to temperate zones. This process resulted in a strong selective sweep within the TE-related block of linkage disequilibrium. Functional validations indicated that the TE represses ZmCCT expression to reduce photoperiod sensitivity, thus accelerating maize spread to long-day environments.

Publication types

  • Research Support, Non-U.S. Gov't

MeSH terms

  • Adaptation, Physiological*
  • Base Sequence
  • DNA Transposable Elements
  • Flowers / genetics
  • Flowers / metabolism
  • Gene Expression Regulation, Plant / physiology*
  • Linkage Disequilibrium / physiology*
  • Molecular Sequence Data
  • Photoperiod*
  • Repressor Proteins* / genetics
  • Repressor Proteins* / metabolism
  • Zea mays* / genetics
  • Zea mays* / metabolism

Substances

  • DNA Transposable Elements
  • Repressor Proteins

Associated data

  • GENBANK/KF575627
  • GENBANK/KF575628
  • GENBANK/KF575629
  • GENBANK/KF575630
  • GENBANK/KF575631
  • GENBANK/KF575632
  • GENBANK/KF575633
  • GENBANK/KF575634
  • GENBANK/KF575635
  • GENBANK/KF575636
  • GENBANK/KF575637
  • GENBANK/KF575638
  • GENBANK/KF575639
  • GENBANK/KF575640
  • GENBANK/KF575641
  • GENBANK/KF575642
  • GENBANK/KF575643
  • GENBANK/KF575644
  • GENBANK/KF575645
  • GENBANK/KF575646
  • GENBANK/KF575647
  • GENBANK/KF575648
  • GENBANK/KF575649
  • GENBANK/KF575650
  • GENBANK/KF575651
  • GENBANK/KF575652
  • GENBANK/KF575653
  • GENBANK/KF575654
  • GENBANK/KF575655
  • GENBANK/KF575656
  • GENBANK/KF575657
  • GENBANK/KF575658
  • GENBANK/KF575659
  • GENBANK/KF575660
  • GENBANK/KF575661
  • GENBANK/KF575662
  • GENBANK/KF575663
  • GENBANK/KF575664
  • GENBANK/KF575665
  • GENBANK/KF575666
  • GENBANK/KF575667
  • GENBANK/KF575668
  • GENBANK/KF575669
  • GENBANK/KF575670
  • GENBANK/KF575671
  • GENBANK/KF575672
  • GENBANK/KF575673
  • GENBANK/KF575674
  • GENBANK/KF575675
  • GENBANK/KF575676
  • GENBANK/KF575677
  • GENBANK/KF575678
  • GENBANK/KF575679
  • GENBANK/KF575680
  • GENBANK/KF575681
  • GENBANK/KF575682
  • GENBANK/KF575683
  • GENBANK/KF575684
  • GENBANK/KF575685
  • GENBANK/KF575686
  • GENBANK/KF575687
  • GENBANK/KF575688
  • GENBANK/KF575689
  • GENBANK/KF575690
  • GENBANK/KF575691
  • GENBANK/KF575692
  • GENBANK/KF575693
  • GENBANK/KF575694
  • GENBANK/KF575695
  • GENBANK/KF575696
  • GENBANK/KF575697
  • GENBANK/KF575698
  • GENBANK/KF575699
  • GENBANK/KF575700
  • GENBANK/KF575701
  • GENBANK/KF575702
  • GENBANK/KF575703
  • GENBANK/KF575704
  • GENBANK/KF575705
  • GENBANK/KF575706
  • GENBANK/KF575707
  • GENBANK/KF575708
  • GENBANK/KF575709
  • GENBANK/KF575710
  • GENBANK/KF575711
  • GENBANK/KF575712
  • GENBANK/KF575713
  • GENBANK/KF575714
  • GENBANK/KF575715
  • GENBANK/KF575716
  • GENBANK/KF575717
  • GENBANK/KF575718
  • GENBANK/KF575719
  • GENBANK/KF575720
  • GENBANK/KF575721
  • GENBANK/KF575722
  • GENBANK/KF575723
  • GENBANK/KF575724
  • GENBANK/KF575725
  • GENBANK/KF575726
  • GENBANK/KF575727
  • GENBANK/KF575728
  • GENBANK/KF575729
  • GENBANK/KF575730
  • GENBANK/KF575731
  • GENBANK/KF575732
  • GENBANK/KF575733
  • GENBANK/KF575734
  • GENBANK/KF575735
  • GENBANK/KF575736
  • GENBANK/KF575737
  • GENBANK/KF575738
  • GENBANK/KF575739
  • GENBANK/KF575740
  • GENBANK/KF575741
  • GENBANK/KF575742
  • GENBANK/KF575743
  • GENBANK/KF575744
  • GENBANK/KF575745
  • GENBANK/KF575746
  • GENBANK/KF575747
  • GENBANK/KF575748
  • GENBANK/KF575749
  • GENBANK/KF575750
  • GENBANK/KF575751
  • GENBANK/KF575752
  • GENBANK/KF575753
  • GENBANK/KF575754
  • GENBANK/KF575755
  • GENBANK/KF575756
  • GENBANK/KF575757
  • GENBANK/KF575758
  • GENBANK/KF575759
  • GENBANK/KF575760
  • GENBANK/KF575761
  • GENBANK/KF575762
  • GENBANK/KF575763
  • GENBANK/KF575764
  • GENBANK/KF575765
  • GENBANK/KF575766
  • GENBANK/KF575767
  • GENBANK/KF575768
  • GENBANK/KF575769
  • GENBANK/KF575770
  • GENBANK/KF575771
  • GENBANK/KF575772
  • GENBANK/KF575773
  • GENBANK/KF575774
  • GENBANK/KF575775
  • GENBANK/KF575776
  • GENBANK/KF575777
  • GENBANK/KF575778
  • GENBANK/KF575779
  • GENBANK/KF575780
  • GENBANK/KF575781
  • GENBANK/KF575782
  • GENBANK/KF575783
  • GENBANK/KF575784
  • GENBANK/KF575785
  • GENBANK/KF575786
  • GENBANK/KF575787
  • GENBANK/KF575788
  • GENBANK/KF575789
  • GENBANK/KF575790
  • GENBANK/KF575791
  • GENBANK/KF575792
  • GENBANK/KF575793
  • GENBANK/KF575794
  • GENBANK/KF575795
  • GENBANK/KF575796
  • GENBANK/KF575797
  • GENBANK/KF575798
  • GENBANK/KF575799
  • GENBANK/KF575800
  • GENBANK/KF575801
  • GENBANK/KF575802
  • GENBANK/KF575803
  • GENBANK/KF575804
  • GENBANK/KF575805
  • GENBANK/KF575806
  • GENBANK/KF575807
  • GENBANK/KF575808
  • GENBANK/KF575809
  • GENBANK/KF575810
  • GENBANK/KF575811
  • GENBANK/KF575812
  • GENBANK/KF575813
  • GENBANK/KF575814
  • GENBANK/KF575815
  • GENBANK/KF575816
  • GENBANK/KF575817
  • GENBANK/KF575818
  • GENBANK/KF575819
  • GENBANK/KF575820
  • GENBANK/KF575821
  • GENBANK/KF575822
  • GENBANK/KF575823
  • GENBANK/KF575824
  • GENBANK/KF575825
  • GENBANK/KF575826
  • GENBANK/KF575827
  • GENBANK/KF575828
  • GENBANK/KF575829
  • GENBANK/KF575830
  • GENBANK/KF575831
  • GENBANK/KF575832
  • GENBANK/KF575833
  • GENBANK/KF575834
  • GENBANK/KF575835
  • GENBANK/KF575836
  • GENBANK/KF575837
  • GENBANK/KF575838
  • GENBANK/KF575839
  • GENBANK/KF575840
  • GENBANK/KF575841
  • GENBANK/KF575842
  • GENBANK/KF575843
  • GENBANK/KF575844
  • GENBANK/KF575845
  • GENBANK/KF575846
  • GENBANK/KF575847
  • GENBANK/KF575848
  • GENBANK/KF575849
  • GENBANK/KF575850
  • GENBANK/KF575851
  • GENBANK/KF575852
  • GENBANK/KF575853
  • GENBANK/KF575854
  • GENBANK/KF575855
  • GENBANK/KF575856
  • GENBANK/KF575857
  • GENBANK/KF575858
  • GENBANK/KF575859
  • GENBANK/KF575860
  • GENBANK/KF575861
  • GENBANK/KF575862
  • GENBANK/KF575863
  • GENBANK/KF575864
  • GENBANK/KF575865
  • GENBANK/KF575866
  • GENBANK/KF575867
  • GENBANK/KF575868
  • GENBANK/KF575869
  • GENBANK/KF575870
  • GENBANK/KF575871
  • GENBANK/KF575872
  • GENBANK/KF575873
  • GENBANK/KF575874
  • GENBANK/KF575875
  • GENBANK/KF575876
  • GENBANK/KF575877
  • GENBANK/KF575878
  • GENBANK/KF575879
  • GENBANK/KF575880
  • GENBANK/KF575881
  • GENBANK/KF575882
  • GENBANK/KF575883
  • GENBANK/KF575884
  • GENBANK/KF575885
  • GENBANK/KF575886
  • GENBANK/KF575887
  • GENBANK/KF575888
  • GENBANK/KF575889
  • GENBANK/KF575890
  • GENBANK/KF575891
  • GENBANK/KF575892
  • GENBANK/KF575893
  • GENBANK/KF575894
  • GENBANK/KF575895
  • GENBANK/KF575896
  • GENBANK/KF575897
  • GENBANK/KF575898
  • GENBANK/KF575899
  • GENBANK/KF575900
  • GENBANK/KF575901
  • GENBANK/KF575902
  • GENBANK/KF575903
  • GENBANK/KF575904
  • GENBANK/KF575905
  • GENBANK/KF575906
  • GENBANK/KF575907
  • GENBANK/KF575908
  • GENBANK/KF575909
  • GENBANK/KF575910
  • GENBANK/KF575911
  • GENBANK/KF575912
  • GENBANK/KF575913
  • GENBANK/KF575914
  • GENBANK/KF575915
  • GENBANK/KF575916
  • GENBANK/KF575917
  • GENBANK/KF575918
  • GENBANK/KF575919
  • GENBANK/KF575920
  • GENBANK/KF575921
  • GENBANK/KF575922
  • GENBANK/KF575923
  • GENBANK/KF575924
  • GENBANK/KF575925
  • GENBANK/KF575926
  • GENBANK/KF575927
  • GENBANK/KF575928
  • GENBANK/KF575929
  • GENBANK/KF575930
  • GENBANK/KF575931
  • GENBANK/KF575932
  • GENBANK/KF575933
  • GENBANK/KF575934
  • GENBANK/KF575935
  • GENBANK/KF575936
  • GENBANK/KF575937
  • GENBANK/KF575938
  • GENBANK/KF575939
  • GENBANK/KF575940
  • GENBANK/KF575941
  • GENBANK/KF575942
  • GENBANK/KF575943
  • GENBANK/KF575944
  • GENBANK/KF575945
  • GENBANK/KF575946
  • GENBANK/KF575947
  • GENBANK/KF575948
  • GENBANK/KF575949
  • GENBANK/KF575950
  • GENBANK/KF575951
  • GENBANK/KF575952
  • GENBANK/KF575953
  • GENBANK/KF575954
  • GENBANK/KF575955
  • GENBANK/KF575956
  • GENBANK/KF575957
  • GENBANK/KF575958
  • GENBANK/KF575959
  • GENBANK/KF575960
  • GENBANK/KF575961
  • GENBANK/KF575962
  • GENBANK/KF575963
  • GENBANK/KF575964
  • GENBANK/KF575965
  • GENBANK/KF575966
  • GENBANK/KF575967
  • GENBANK/KF575968
  • GENBANK/KF575969
  • GENBANK/KF575970
  • GENBANK/KF575971
  • GENBANK/KF575972
  • GENBANK/KF575973
  • GENBANK/KF575974
  • GENBANK/KF575975
  • GENBANK/KF575976
  • GENBANK/KF575977
  • GENBANK/KF575978
  • GENBANK/KF575979
  • GENBANK/KF575980
  • GENBANK/KF575981
  • GENBANK/KF575982
  • GENBANK/KF575983
  • GENBANK/KF575984
  • GENBANK/KF575985
  • GENBANK/KF575986
  • GENBANK/KF575987
  • GENBANK/KF575988
  • GENBANK/KF575989
  • GENBANK/KF575990
  • GENBANK/KF575991
  • GENBANK/KF575992
  • GENBANK/KF575993
  • GENBANK/KF575994
  • GENBANK/KF575995
  • GENBANK/KF575996
  • GENBANK/KF575997
  • GENBANK/KF575998
  • GENBANK/KF575999
  • GENBANK/KF576000
  • GENBANK/KF576001
  • GENBANK/KF576002
  • GENBANK/KF576003
  • GENBANK/KF576004
  • GENBANK/KF576005
  • GENBANK/KF576006
  • GENBANK/KF576007
  • GENBANK/KF576008
  • GENBANK/KF576009
  • GENBANK/KF576010
  • GENBANK/KF576011
  • GENBANK/KF576012
  • GENBANK/KF576013
  • GENBANK/KF576014
  • GENBANK/KF576015
  • GENBANK/KF576016
  • GENBANK/KF576017
  • GENBANK/KF576018
  • GENBANK/KF576019
  • GENBANK/KF576020
  • GENBANK/KF576021
  • GENBANK/KF576022
  • GENBANK/KF576023
  • GENBANK/KF576024
  • GENBANK/KF576025
  • GENBANK/KF576026
  • GENBANK/KF576027
  • GENBANK/KF576028
  • GENBANK/KF576029
  • GENBANK/KF576030
  • GENBANK/KF576031
  • GENBANK/KF576032
  • GENBANK/KF576033
  • GENBANK/KF576034
  • GENBANK/KF576035
  • GENBANK/KF576036
  • GENBANK/KF576037
  • GENBANK/KF576038
  • GENBANK/KF576039
  • GENBANK/KF576040
  • GENBANK/KF576041
  • GENBANK/KF576042
  • GENBANK/KF576043
  • GENBANK/KF576044
  • GENBANK/KF576045
  • GENBANK/KF576046
  • GENBANK/KF576047
  • GENBANK/KF576048
  • GENBANK/KF576049
  • GENBANK/KF576050
  • GENBANK/KF576051
  • GENBANK/KF576052
  • GENBANK/KF576053
  • GENBANK/KF576054
  • GENBANK/KF576055
  • GENBANK/KF576056
  • GENBANK/KF576057
  • GENBANK/KF576058
  • GENBANK/KF576059
  • GENBANK/KF576060
  • GENBANK/KF576061
  • GENBANK/KF576062
  • GENBANK/KF576063
  • GENBANK/KF576064
  • GENBANK/KF576065
  • GENBANK/KF576066
  • GENBANK/KF576067
  • GENBANK/KF576068
  • GENBANK/KF576069
  • GENBANK/KF576070
  • GENBANK/KF576071
  • GENBANK/KF576072
  • GENBANK/KF576073
  • GENBANK/KF576074
  • GENBANK/KF576075
  • GENBANK/KF576076
  • GENBANK/KF576077
  • GENBANK/KF576078
  • GENBANK/KF576079
  • GENBANK/KF576080
  • GENBANK/KF576081
  • GENBANK/KF576082
  • GENBANK/KF576083
  • GENBANK/KF576084
  • GENBANK/KF576085
  • GENBANK/KF576086
  • GENBANK/KF576087
  • GENBANK/KF576088
  • GENBANK/KF576089
  • GENBANK/KF576090
  • GENBANK/KF576091
  • GENBANK/KF576092
  • GENBANK/KF576093
  • GENBANK/KF576094
  • GENBANK/KF576095
  • GENBANK/KF576096
  • GENBANK/KF576097
  • GENBANK/KF576098
  • GENBANK/KF576099
  • GENBANK/KF576100
  • GENBANK/KF576101
  • GENBANK/KF576102
  • GENBANK/KF576103
  • GENBANK/KF576104
  • GENBANK/KF576105
  • GENBANK/KF576106
  • GENBANK/KF576107
  • GENBANK/KF576108
  • GENBANK/KF576109
  • GENBANK/KF576110
  • GENBANK/KF576111
  • GENBANK/KF576112
  • GENBANK/KF576113
  • GENBANK/KF576114
  • GENBANK/KF576115
  • GENBANK/KF576116
  • GENBANK/KF576117
  • GENBANK/KF576118
  • GENBANK/KF576119
  • GENBANK/KF576120
  • GENBANK/KF576121
  • GENBANK/KF576122
  • GENBANK/KF576123
  • GENBANK/KF576124
  • GENBANK/KF576125
  • GENBANK/KF576126
  • GENBANK/KF576127
  • GENBANK/KF576128
  • GENBANK/KF576129
  • GENBANK/KF576130
  • GENBANK/KF576131
  • GENBANK/KF576132
  • GENBANK/KF576133
  • GENBANK/KF576134
  • GENBANK/KF576135
  • GENBANK/KF576136
  • GENBANK/KF576137
  • GENBANK/KF576138
  • GENBANK/KF576139
  • GENBANK/KF576140
  • GENBANK/KF576141
  • GENBANK/KF576142
  • GENBANK/KF576143
  • GENBANK/KF576144
  • GENBANK/KF576145
  • GENBANK/KF576146
  • GENBANK/KF576147
  • GENBANK/KF576148
  • GENBANK/KF576149
  • GENBANK/KF576150
  • GENBANK/KF576151
  • GENBANK/KF576152
  • GENBANK/KF576153
  • GENBANK/KF576154
  • GENBANK/KF576155
  • GENBANK/KF576156
  • GENBANK/KF576157
  • GENBANK/KF576158
  • GENBANK/KF576159
  • GENBANK/KF576160
  • GENBANK/KF576161
  • GENBANK/KF576162
  • GENBANK/KF576163
  • GENBANK/KF576164
  • GENBANK/KF576165
  • GENBANK/KF576166
  • GENBANK/KF576167
  • GENBANK/KF576168
  • GENBANK/KF576169
  • GENBANK/KF576170
  • GENBANK/KF576171
  • GENBANK/KF576172
  • GENBANK/KF576173
  • GENBANK/KF576174
  • GENBANK/KF576175
  • GENBANK/KF576176
  • GENBANK/KF576177
  • GENBANK/KF576178
  • GENBANK/KF576179
  • GENBANK/KF576180
  • GENBANK/KF576181
  • GENBANK/KF576182
  • GENBANK/KF576183
  • GENBANK/KF576184
  • GENBANK/KF576185
  • GENBANK/KF576186
  • GENBANK/KF576187
  • GENBANK/KF576188
  • GENBANK/KF576189
  • GENBANK/KF576190
  • GENBANK/KF576191
  • GENBANK/KF576192
  • GENBANK/KF576193
  • GENBANK/KF576194
  • GENBANK/KF576195
  • GENBANK/KF576196
  • GENBANK/KF576197
  • GENBANK/KF576198
  • GENBANK/KF576199
  • GENBANK/KF576200
  • GENBANK/KF576201
  • GENBANK/KF576202
  • GENBANK/KF576203
  • GENBANK/KF576204
  • GENBANK/KF576205