[Despite Challenges and Pitfalls: How Ophthalmology Benefits from the Use of Next-Generation Sequencing]

Klin Monbl Augenheilkd. 2018 Mar;235(3):258-263. doi: 10.1055/s-0043-122076. Epub 2018 Feb 1.
[Article in German]

Abstract

Within a few years, high-throughput sequencing (next-generation sequencing, NGS) has become a routine method in genetic diagnostics and has largely replaced conventional Sanger sequencing. The complexity of NGS data requires sound bioinformatic analysis: pinpointing the disease-causing variants may be difficult, and erroneous interpretations must be avoided. When looking at the group of retinal dystrophies as an example of eye disorders with extensive genetic heterogeneity, one can clearly say that NGS-based diagnostics yield important information for most patients and physicians, and that it has furthered our knowledge significantly. Furthermore, NGS has accelerated ophthalmogenetic research aimed at the identification of novel eye disease genes.

Innerhalb weniger Jahre ist die Anwendung von Hochdurchsatzsequenzierung (next-generation sequencing, NGS) in der genetischen Diagnostik zur Routine geworden und hat die konventionelle Sanger-Sequenzierung aus vielen Bereichen weitgehend verdrängt. Mit der Komplexität der Daten gehen besondere Anforderungen insbesondere an die Bioinformatik einher, da die Identifizierung der krankheitsauslösenden Varianten schwierig sein kann und falsche Schlussfolgerungen vermieden werden sollen. Man kann aber, wenn man exemplarisch für andere (Augen-)Erkrankungen die Retinopathien als Gruppe mit ausgeprägter genetischer Heterogenität betrachtet, schon heute sagen, dass die NGS-basierte Diagnostik den meisten Patienten und den betreuenden Ärzten wichtige Informationen liefert und unser Wissen maßgeblich erweitert hat. In der ophthalmogenetischen Forschung hat NGS zudem zur Identifizierung zahlreicher neuer Krankheitsgene geführt.

MeSH terms

  • Adaptor Proteins, Signal Transducing / genetics
  • Adaptor Proteins, Vesicular Transport
  • Alleles
  • Allelopathy / genetics
  • Diagnosis, Differential
  • Eye Diseases / diagnosis*
  • Eye Diseases / genetics*
  • Eye Proteins / genetics
  • Genetic Association Studies
  • High-Throughput Nucleotide Sequencing / trends*
  • Microtubule-Associated Proteins / genetics
  • Ophthalmology / trends*
  • Retinal Dystrophies / diagnosis
  • Retinal Dystrophies / genetics
  • Sensitivity and Specificity
  • Sequence Analysis, DNA / trends*
  • Tumor Suppressor Proteins / genetics
  • Usher Syndromes / diagnosis
  • Usher Syndromes / genetics

Substances

  • AHI1 protein, human
  • Adaptor Proteins, Signal Transducing
  • Adaptor Proteins, Vesicular Transport
  • DEUP1 protein, human
  • Eye Proteins
  • Microtubule-Associated Proteins
  • RP1 protein, human
  • Tumor Suppressor Proteins