1 Laboratoire de Bactériologie, Observatoire Rhône-Alpes des Mycobactéries, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
2 CIRI, Centre International de Recherche en Infectiologie, Inserm, U1111, CNRS, UMR 5308, Université Lyon 1, École Normale Supérieure de Lyon, Lyon, France.
3 Equally contributed to this work.
4 Fondation Mérieux, Lyon, France.
5 Biomnis Eurofins, Lyon, France.
6 Laboratoire de Bactériologie, Institut de Biologie et de Pathologie, CHU de Grenoble, Laboratoire TIMC-IMAG, UMR 5525 CNRS-UJF, UFR de Médecine, Université Grenoble Alpes, Grenoble, France.
7 Laboratoire des Agents Infectieux et d'Hygiène, CHU de Saint-Etienne, Saint-Etienne, France.
8 Comité Départemental d'Hygiène Sociale, CLAT69, Lyon, France.
9 Département de Pneumologie, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
10 Unité d'Hygiène, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
11 Département des Maladies infectieuses et tropicales, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France.
12 Laboratoire de Bactériologie, Observatoire Rhône-Alpes des Mycobactéries, Institut des Agents Infectieux, Hospices Civils de Lyon, Lyon, France [email protected].