The Cycle Threshold (Ct) value of SARS-CoV-2 RT-PCR are used as an indicator of viral load. Using a collection of 45 fresh nasopharyngeal samples collected on universal transport media, we compare the Ct value obtained with 2 RT-PCR assays, the Alinity M SARS-CoV-2 and the Alinity M RESP-4-Plex (Abbott Molecular, Des Plaines, Illinois, Etats-Unis) processed on an Alinity M device. The assays are highly correlated; however, the Ct values were in median lower of 4.54 with the Alinity M RESP-4-Plex. This difference could be attributed to earlier detection of positivity by the software of the Alinity M rather than a difference in RT-PCR performances. The Ct-value of SARS-CoV-2 RT-PCR should be interpreted with caution taking into account the clinical context, pre-analytical and analytical findings.
La valeur du cycle seuil (Ct) des RT-PCR positives pour le SARS-CoV-2 est utilisée pour évaluer si un patient est contagieux. Lors d’un changement de réactif, nous avons comparé les résultats de Ct obtenus pour 45 prélèvements positifs pour le SARS-CoV-2 avec 2 kits de réactifs : Alinity M SARS-CoV-2 et Alinity M RESP-4-Plex (Abbott Molecular, Des Plaines, Illinois, États-Unis) utilisée avec l’automate Alinity M. Les deux méthodes était corrélées mais les Ct étaient en médiane plus bas de 4,54 avec le réactif Alinity M RESP-4-Plex en comparaison du réactif Alinity M SARS-CoV-2. Cette différence semble liée à une détection plus précoce de la positivité par le logiciel de l’Alinity M qu’à une différence de performances. Nous alertons sur le fait que les valeurs de Ct doivent être interprétées avec prudence en prenant en compte le contexte clinique, les limites pré-analytiques et analytiques.
Keywords: Covid-19; Cycle Threshold (Ct); software; algorithm; Alinity; Abbott.