Introduction: Puumala virus (family Hantaviridae, genus Orthohantavirus) is distributed in most regions of the European part of Russia. However, information about its genetic variants circulating on the territory of the Central Federal District is extremely scarce.
Materials and methods: Rodents' tissue samples were tested after reverse transcription by PCR for the presence of hantaviral RNA. The amplified fragments of the L segment were sequenced by the Sanger method. For two samples, sequences of all three segments were obtained using the NGS method. Phylogenetic trees were built in the MEGA-X software.
Results: Puumala virus was found in six samples. Based on the phylogenetic analysis of sequences of three segments, the obtained genetic variants belong to the sublineage previously designated as W-RUS.
Conclusion: A genetic variant of the Puumala virus, belonging to the subline W-RUS, circulates on the territory of the Volokolamsk district of Moscow region.
Введение. Вирус Пуумала (семейство Hantaviridae, род Orthohantavirus) распространен в большинстве регионов Европейской части России. Однако сведения о его генетических вариантах, циркулирующих на территории Центрального федерального округа, крайне скудны. Цель работы – изучение генетических вариантов вируса Пуумала, циркулирующих в грызунах на территории Волоколамского района Московской области. Материалы и методы. Ткани грызунов исследовали методом ПЦР на наличие РНК хантавирусов. Амплифицированные фрагменты сегмента L секвенировали методом Сэнгера. Для двух образцов были получены последовательности всех трех сегментов методом NGS. Филогенетические деревья строили в программе MEGA X. Результаты. В 6 исследуемых образцах был обнаружен вирус Пуумала. Филогенетический анализ, основанный на последовательностях трех сегментов, показал, что обнаруженные генетические варианты принадлежат к сублинии, обозначенной ранее как W-RUS. Заключение. На территории Волоколамского района Московской области циркулирует генетический вариант вируса Пуумала, относящийся к сублинии W-RUS.
Keywords: Puumala orthohantavirus; bank vole; phylogeography; sublineage W-RUS.