Objective: The aim of this study was to evaluate the microbiological epidemiology of carbapenemase-producing Gram-negative bacilli (CPGNB) isolated from blood during a 5-year period.
Methods: A total of 80 isolates from 78 patients were finally included; fifty-five (70.5%) were men and the mean age was 60 years. Detection of carbapenemase production was performed by immunocromatography (IC) and polymerase chain reaction (PCR). Genotyping was carried-out by pulsedfield gel electrophoresis (PFGE) and multi-locus sequence typing (MLST), and characterization of carbapenemase-producing isolates was performed by whole genome sequencing (WGS).
Results: The main microorganisms isolated were K. pneumoniae (29.4%), E. cloacae (28.2%), A. baumannii (17.9%) and P. aeruginosa (15.3%). Overall, the most common carbapenemase in Enterobacterales was OXA-48 group (57.7%). The most common carbapenemase in non-fermenting bacilli was OXA-23 (60.8%). The most common ST in K. pneumoniae producing OXA-48 types was ST45 and in E. cloacae ST114, while in E. cloacae producing VIM types was ST78. In OXA-23 types, the most common clone in A. baumannii was ST2, whereas in P. aeruginosa producing IMP types was ST253.
Conclusions: There was an increase in cases recorded in the years of highest incidence and severity of the SARS-CoV-2 pandemic, with a significant number of cases in patients admitted to the ICU. All bacteremias caused by A. baumannii were caused by the same clone, and 12 of the 14 cases caused by A. baumannii were part of outbreaks in the ICU.
Introducción: El objetivo de este estudio fue evaluar la epidemiología microbiológica de los bacilos Gram negativos productores de carbapenemasas (CPGNB) aislados de sangre durante un período de 5 años.
Métodos: Se incluyeron finalmente 80 aislamientos de 78 pacientes; cincuenta y cinco (70,5%) eran hombres y la edad media fue de 60 años. La detección de la producción de carbapenemasas se realizó mediante inmunocromatografía (IC) y reacción en cadena de la polimerasa (PCR). El genotipado se llevó a cabo mediante electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE) y tipificación de secuencia multilocus (MLST), y la caracterización de los aislados productores de carbapenemasas se realizó mediante secuenciación del genoma completo (WGS).
Resultados: Los principales microorganismos aislados fueron K. pneumoniae (29,4%), E. cloacae (28,2%), A. baumannii (17,9%) y P. aeruginosa (15,3%). En general, la carbapenemasa más común en Enterobacterales fue el grupo OXA-48 (57,7%). La carbapenemasa más común en los bacilos no fermentadores fue la OXA-23 (60,8%). El ST más común en K. pneumoniae que produce tipos OXA-48 fue ST45 y en E. cloacae ST114, mientras que en E. cloacae que produce tipos VIM fue ST78. En los tipos OXA-23, el clon más común en A. baumannii fue ST2, mientras que en P. aeruginosa tipo IMP fue ST253.
Conclusiones: Hubo un incremento de casos registrados en los años de mayor incidencia y gravedad de la pandemia por SARS-CoV-2, con un número importante de casos en pacientes ingresados en UCI. Todas las bacteriemias producidas por A. baumannii lo fueron por el mismo clon, y 12 de los 14 casos producidos por A. baumannii formaron parte de brotes en la UCI.
Keywords: Carbapenemase; Enterobacterales; OXA-23 type; OXA-48 type; ST-clones; non-fermenting bacilli.
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