Application of the 6-SNP elevated LDL-cholesterol polygenic risk score in individuals with familial hypercholesterolemia phenotype from an Argentine population

Gac Med Mex. 2024;160(4):413-419. doi: 10.24875/GMM.M24000918.

Abstract

Introduction: LDL-cholesterol greater than 190 mg/dL indicates severe hypercholesterolemia (HS) of monogenic and/or polygenic origin. Genetic risk scores (GRS) evaluate potential polygenic causes.

Objective: we applied a GRS of 6-SNP (GRS-6) in HS individuals.

Material and methods: 69 subjects from the Familial Hypercholesterolemia (HF) Detection registry in Argentina (Da Vinci).

Results: with 44 individuals with HF-phenotype, not carriers of genetic variants that indicate a monogenic origin (HF/M-) and 26 controls, the GRS-6 cut-off value was established, > 0.76, sensitivity 0.59, specificity 0.69. 15/44(34 %) HF/M- presented GRS-6+. The mean GRS-6 values in HF/M-, HF/M+ and controls were 0.72 ± 0.17, 0.66 ± 0.17, and 0.70 ± 0.13 respectively (p = 0.43). There were no significant differences in cholesterol values, or in the clinical score, between cases with positive vs negative GRS-6. The GRS-6 was positive in 32 % of the cases vs 20 % of the previously applied GRS-10 (p = 0.003), significantly increasing the detection of polygenic contribution.

Conclusions: We present an estimate of the first cut-off value for the GRS-6 in a Latin American population, and we conclude that the GRS-6 could contribute to the evaluation of the polygenic contribution in cases with severe hypercholesterolemia in our population in a similar way to that of other European populations.

Introducción: Un nivel de colesterol-LDL > 190 mg/dL indica hipercolesterolemia severa de origen monogénico y/o poligénico. Los puntajes de riesgo genético (GRS) evalúan potenciales causas poligénicas.

Objetivo: Aplicar un GRS de seis SNP (GRS-6) en individuos con hipercolesterolemia severa.

Material y métodos: Se estudiaron 69 sujetos del registro de detección de hipercolesterolemia familiar (HF) en Argentina.

Resultados: Con 44 individuos con fenotipo de HF sin variantes genéticas que indicaran origen monogénico (HF/M−) y 26 sujetos de control, se estableció el valor de corte de GRS-6 en > 0.76, con sensibilidad de 0.59 y especificidad de 0.69; 15 sujetos HF/M− (34 %) presentaron valores de GRS-6 positivos. Los valores medios del GRS-6 en los pacientes con HF/M−, HF/M+ y los sujetos de control fueron 0.72 ± 0.17, 0.66 ± 0.17 y 0.70 ± 0.13 (p = 0.43). No existieron diferencias significativas en los valores de colesterol, ni en el puntaje clínico, entre los casos con GRS-6 positivo vs. negativo. En 32 % de los casos se obtuvieron valores positivos para contribución poligénica con GRS-6 versus 20 % con GRS-10, puntuación que previamente había sido aplicada (p = 0.003).

Conclusión: Describimos el primer valor de corte para el GRS-6 en una población latinoamericana, y concluimos que este GRS podría aportar a la evaluación de la contribución poligénica en los pacientes con hipercolesterolemia severa en la población argentina de manera similar a la de otras poblaciones europeas.

Keywords: Familial hypercholesterolemia; Hipercolesterolemia familiar; Hipercolesterolemia poligénica; Hipercolesterolemia severa; Polygenic hypercholesterolemia; Polygenic risk score; Puntuación de riesgo poligénico; Severe hypercholesterolemia.

MeSH terms

  • Adult
  • Argentina
  • Case-Control Studies
  • Cholesterol, LDL* / blood
  • Female
  • Genetic Predisposition to Disease
  • Genetic Risk Score
  • Humans
  • Hyperlipoproteinemia Type II* / blood
  • Hyperlipoproteinemia Type II* / genetics
  • Male
  • Middle Aged
  • Multifactorial Inheritance
  • Phenotype*
  • Polymorphism, Single Nucleotide*
  • Registries
  • Sensitivity and Specificity

Substances

  • Cholesterol, LDL