Rhinovirus species and clinical features in children hospitalised with pneumonia from Mozambique

Objectifs: Décrire la prévalence des espèces du rhinovirus (RV) humain chez les enfants hospitalisés pour une pneumonie à Manhiça, au Mozambique, et les associations entre les espèces de RV et les caractéristiques démographiques, cliniques et de laboratoire.

Méthodes: Des prélèvements nasopharyngés ont été recueillis chez des enfants de 0 à 10 ans (n = 277) présentés à l'hôpital de District de Manhiça avec une pneumonie clinique. Des échantillons de sang ont été prélevés pour le dépistage du VIH et du paludisme, la culture du sang et la numération de la formule sanguine, et une radiographie pulmonaire a été réalisée. Un panel des virus respiratoires courants a été investigué en utilisant deux tests indépendants de RT‐PCR multiplex avec des amorces spécifiques pour chaque virus et chaque type viral. Les espèces et génotypes du RV ont été identifiés par des tests de PCR semi‐imbriquées, par le séquençage et par l'analyse des arbres phylogénétiques.

Résultats: Au moins un virus respiratoire a été identifié chez 206 (74,4%) enfants hospitalisés pour une pneumonie clinique. Le RV était le virus le plus couramment identifié à la fois chez les enfants infectés (17/38; 44,7%) et chez ceux non‐infectés (74/237; 31,2%; P = 0,100) par le VIH. Le RV‐A était l'espèce de RV la plus couramment identifiée (47/275; 17,0%), suivie du RV‐C (35/275; 12,6%) et du RV‐B (8/275; 2,9%). La présentation clinique des différentes espèces du RV était semblable et superposée et aucune espèce particulière n’était associée à des caractéristiques cliniques spécifiques.

Conclusions: RV‐A et RV‐C étaient les virus respiratoires les plus couramment identifiés chez les enfants hospitalisés pour une pneumonie clinique à Manhiça. La présentation clinique de RV‐A et RV‐C était similaire et superposée.

Objetivos: Describir la prevalencia de las especies de rinovirus (RV) humano en niños hospitalizados con neumonía en Manhiça, Mozambique; y las asociaciones entre las especies RV y características demográficas, clínicas, y de laboratorio.

Métodos: Se recolectaron aspirados nasofaríngeos de niños con 0‐10 años de edad (n = 277) que se presentaron en el Hospital Distrital de Manhiça con neumonía clínica. Se tomaron muestras de sangre para realizar pruebas para VIH y malaria, hemocultivos y hemogramas completos, y se tomó una placa de tórax. Se investigó la presencia de un panel de virus respiratorios comunes mediante dos ensayos independientes de multiplex RT‐PCR con cebadores específicos para cada virus y tipo de virus. Se identificaron las especies de RV y sus genotipos mediante una PCR semi‐anidada, secuenciación y análisis de árbol filogenético.

Resultados: Se identificó al menos un virus respiratorio en 206 (74.4%) niños hospitalizados con neumonía clínica. El RV fue el virus más comúnmente identificado, tanto en niños infectados con VIH (17/38, 44.7%) como en aquellos sin infectar (74/237, 31.2%; P = 0.100). La especie de RV más común era el RV‐A (47/275, 17.0%), seguida por RV‐C (35/275, 12.6%) y RV‐B (8/275, 2.9%). Las presentaciones clínicas de las diferentes especies de RV eran similares y se solapaban, sin que ninguna especie en particular estuviese asociada con características clínicas específicas.

Conclusiones: RV‐A y RV‐C fueron los virus respiratorios más comúnmente identificados en niños hospitalizados con neumonía clínica en Manhiça. Las presentaciones clínicas de RV‐A y RV‐C eran similares y se solapaba.