A new generation of internet-based diagnostic and research tools have arrived in the last decade. The most extensive group of these includes programs predicting the expected survival mainly by utilizing clinical data of the patient. This includes Adjuvant! Online, the MSKCC and MD Anderson nomograms and the UK-based PREDICT algorithm. A common feature of all these is the comparison of the given patient to previously treated breast cancer samples, and evaluating the clinical outcome of these previous patients. New diagnostic biomarkers can be gene expression or mutation based. Of these, large transcriptomic databases lay the basis for the KMplot.com analysis platform which is capable to assess the prognostic value of a selected gene or gene set. The link between a given mutation and survival is the focus of the cBioportal and the G-2-O software. Diagnosis is based on a transcriptome-level data derived using gene chips in the RecurrenceOnline algorithm. A risk of breast cancer development is assessed by a polygenic model in BOADICEA. In our review we target oncologists, pathologists and breast cancer researchers and provide a comprehensive summary of these and other analysis platforms.
Az internet az emlõ rosszindulatú daganatainak vizsgálatában alkalmazható eszközök egy új generációját hozta el az elmúlt évtized folyamán. Ezek között a legnagyobb csoportban levõ programok a várható túlélés, illetve a terápiás válasz elõrejelzését klinikai adatok alapján végzik el. Ide tartozik az Adjuvant! Online, az MSKCC és az MD Anderson nomogramjai, valamint az angliai PREDICT honlapja. Ezek mindegyikében közös, hogy a beteg megadott paraméterei alapján kikeresi, hogy mi történt a beteghez hasonló betegekkel korábban. Új diagnosztikus biomarkerek azonosításának forrása lehet génexpresszió vagy mutáció – meglevõ, teljesgenom-szintû adatokat tartalmazó adatbázisok kiaknázásán alapszik az egyes gének vagy génmintázatok prognosztikus értékét számoló KMplot.com. Az adott gének mutációs adatai és a várható túlélés közötti kapcsolatot lehet a cBioportalban, illetve a G-2-O-ban vizsgálni. Géncsipekkel lemért genomszintû génexpressziós adatok alapján ad diagnózist a RecurrenceOnline program. Az emlõtumor kialakulásának valószínûségét egy poligénes modell alapján, klinikai adatok felhasználásával becsüli meg a BOADICEA. Az emlõtumorok vizsgálatával foglalkozó onkológusok, patológusok, valamint kutatók számára készült összefoglaló közleményünkben ezen, valamint további elemzõ rendszerek célját, alkalmazási területeit és a rendszerek mögötti adatbázisokat foglaljuk össze.