Aim: To comparatively evaluate the efficacy of genetic screening in patients with Stargardt disease (SD) by using an express panel of 5 most common ABCA4 mutations and performing massive parallel sequencing of all coding regions of the ABCA4, ELOVL4, PROM1, and CNGB3 genes.
Material and methods: MLPA analysis for 5 ABCA4 mutations, namely p.G863A, p.L541P, p.A1038V, p.G1961E, and p.P1380L, was done in 54 patients with SD. In 25 patients, massive parallel sequencing of coding regions (exons) and neighboring introns of the ABCA4, ELOVL4, PROM1, and CNGB3 genes was also performed.
Results: Gene testing for 5 ABCA4 mutations showed that 50% of patients (27 patients) harbored one mutation and 13% - two mutations. At massive parallel sequencing (25 patients), two pathogenic alleles were found in 21 patients (84%), one mutation - in 23 patients (91.7%). The majority of mutations was accounted for by the ABCA4 gene (83% of all mutation-positive patients).
Conclusion: Sequencing of exons and neighboring introns of the ABCA4, ELOVL4, PROM1, and CNGB3 genes with the new molecular genetic diagnostic system enabled confirmation of the diagnosis of SD in 84% of patients. High prevalence of p.L541P, p.A1038V, and p.G1961E mutations of the ABCA4 gene has been established.
Цель - сравнить эффективность скрининга генетических вариантов в выборке пациентов с болезнью Штаргардта (БШ) с использованием экспресс-панели для диагностики 5 наиболее частых мутаций в гене ABCA4 и высокопроизводительного параллельного секвенирования всех кодирующих участков генов ABCA4, ELOVL4, PROM1 и CNGB3 с помощью разработанной системы молекулярно-генетической диагностики БШ. Материал и методы. У 54 пациентов с БШ осуществляли поиск 5 мутаций p.G863A, p.L541P, p.A1038V, p.G1961E, p.P1380L в гене ABCA4 с помощью MLPA-анализа. У 25 пациентов проводили высокопроизводительное параллельное секвенирование кодирующих (экзонных) последовательностей и прилежащих участков интронов генов ABCA4, ELOVL4, PROM1 и CNGB3. Результаты. Скрининг 5 мутаций в гене ABCA4 позволил выявить, по крайней мере, одну мутацию у 27 (50%) пациентов, 2 мутации были найдены у 13% пациентов. По результатам секвенирования два патогенных аллеля было выявлено у 21 (84%) пациента, одна мутация была обнаружена у 23 (91,7%) из 25 больных. Подавляющее большинство мутаций пришлось на ген ABCA4 (83% от всех пациентов с выявленными мутациями). Заключение. Секвенирование всех экзонных и прилежащих интронных участков генов ABCA4, ELOVL4, PROM1 и CNGB3 с помощью разработанной системы молекулярно-генетической диагностики позволило добиться полного молекулярно-генетического подтверждения клинического диагноза БШ у 84% пациентов. Выявлена высокая частота (27,8%) мутаций p.L541P, p.A1038V и p.G1961E в гене ABCA4.
Keywords: ABCA4; CNGB3; ELOVL4; PROM1; Stargardt disease; genetic panel; massive parallel sequencing; mutation; next-generation sequencing.