The Trigonopoma pauciperforatum or the redstripe rasbora is a cyprinid commonly found in marshes and swampy areas with slight acidic tannin-stained water in the tropics. In this study, the complete mitogenome sequence of T. pauciperforatum was first amplified in two parts using two pairs of overlapping primers and then sequenced. The size of the mitogenome is 16,707 bp, encompassing 22 transfer RNA genes, 13 protein-coding genes, two ribosomal RNA genes and a putative control region. Identical gene organisation was detected between this species and other family members. The heavy strand accommodates 28 genes while the light strand houses the remaining nine genes. Most protein-coding genes utilise ATG as start codon except for COI gene which uses GTG instead. The terminal associated sequence (TAS), central conserved sequence block (CSB-F, CSB-D and CSB-E) as well as variable sequence block (CSB-1, CSB-2 and CSB-3) are conserved in the control region. The maximum likelihood phylogenetic tree revealed the divergence of T. pauciperforatum from the basal region of the major clade, where its evolutionary relationships with Boraras maculatus, Rasbora cephalotaenia and R. daniconius are poorly resolved as suggested by the low bootstrap values. This work contributes towards the genetic resource enrichment for peat swamp conservation and comprehensive in-depth comparisons across other phylogenetic researches done on the Rasbora-related genus.
T. pauciperforatum atau rasbora redstripe adalah cyprinid yang biasa ditemui di kawasan rawa dan berpaya dengan air bersifat tannin-asid di tropik. Dalam kajian ini, urutan mitogenom lengkap T. pauciperforatum pertama kali diasingkan dalam dua bahagian dengan menggunakan dua pasang primer yang bertindih dan kemudian bahagianbahagian ini masing-masing dijujukan. Saiz mitogenom yang dikenal pasti adalah 16,707 bp, merangkumi 22 gen tRNA, 13 gen protein, dua gen RNA ribosom dan control region. Komposisi gen yang dikesan adalah sejajar antara spesies ini dan ahli genus rasbora yang lain. Rantaian berat menampung 28 gen manakala rantaian ringan menempatkan sembilan gen yang lain. Kebanyakan gen protein menggunakan ATG sebagai codon permulaan kecuali untuk gen COI yang menggunakan GTG. Urutan bersekutu terminal (TAS), blok urutan pusat (CSB-F, CSB-D dan CSB-E) serta blok turutan berubah (CSB-1, CSB-2 dan CSB-3) turut terpelihara dalam mitogenom ini. Pokok filogenetik mendedahkan perbezaan dari T. pauciperforatum dari bahagian basal clade, di mana hubungan evolusi dengan Boraras maculatus, Rasbora cephalotaenia dan R. daniconius tidak dapat dikenal pasti dengan baik seperti yang dicadangkan oleh nilai bootstrap yang rendah. Kerja ini menyumbang kepada pengayaan sumber genetik untuk pemuliharaan tanah gambut dan perbandingan yang komprehensif merentasi penyelidikan filogenetik seterusnya dilakukan pada genus berkaitan dengan Rasbora.
Keywords: Analisa filogenetik; Asal rantaian ringan; Gene arrangement; Light strand origin; Mitogenom; Mitogenome; Phylogenetic analysis; Trigonopoma pauciperforatum; Urutan gen.
© Penerbit Universiti Sains Malaysia, 2020.