Nosocomial outbreak due to a novel sequence type of carbapenem-resistant Acinetobacter seifertii

Patricia Orlandi Barth; Dariane Castro Pereira; Gabriela Simões de Oliveira; Loriane Rita Konkewicz; Larissa Lutz; William Latosinski Matos; Mariana Preussler Mott; Caroline Collioni Constante; Camila Morschbacher Wilhelm; Laura Czekster Antochevis; Rodrigo Minuto Paiva; Kellen Figueira Tragnago; Afonso Luis Barth; Andreza Francisco Martins

doi:10.1016/j.ajic.2024.11.019

Nosocomial outbreak due to a novel sequence type of carbapenem-resistant Acinetobacter seifertii

Am J Infect Control. 2024 Nov 29:S0196-6553(24)00859-9. doi: 10.1016/j.ajic.2024.11.019. Online ahead of print.

Authors

Patricia Orlandi Barth¹, Dariane Castro Pereira², Gabriela Simões de Oliveira³, Loriane Rita Konkewicz⁴, Larissa Lutz⁵, William Latosinski Matos⁵, Mariana Preussler Mott⁵, Caroline Collioni Constante⁵, Camila Morschbacher Wilhelm⁶, Laura Czekster Antochevis⁷, Rodrigo Minuto Paiva⁵, Kellen Figueira Tragnago⁶, Afonso Luis Barth⁸, Andreza Francisco Martins⁹

Affiliations

¹ Laboratório de Pesquisa em Resistência Bacteriana, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil. Electronic address: [email protected].
² Laboratório de Pesquisa em Resistência Bacteriana, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Unidade de Microbiologia e Biologia Molecular, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
³ Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Bioinformatic Core, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
⁴ Serviço de Controle de Infecção Hospitalar, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
⁵ Unidade de Microbiologia e Biologia Molecular, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
⁶ Laboratório de Pesquisa em Resistência Bacteriana, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
⁷ Laboratório de Pesquisa em Resistência Bacteriana, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
⁸ Laboratório de Pesquisa em Resistência Bacteriana, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.
⁹ Laboratório de Pesquisa em Resistência Bacteriana, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Ciências Médicas, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Bioinformatic Core, Hospital de Clínicas de Porto Alegre, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil; Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil.

PMID: 39617323
DOI: 10.1016/j.ajic.2024.11.019

Abstract

Background: Acinetobacter seifertii, a member of A baumannii-calcoaceticus complex, can be considered a pathogen of concern due to the presence of resistance genes. The aim of the study was to describe an outbreak of carbapenem-resistant A seifertii among neonates admitted to the neonatal intensive care unit (NICU) at a tertiary care hospital.

Methods: All patients with carbapenem-resistant A seifertii diagnosed and admitted to the NICU from June 2023 to October 2023 were included. The presence of carbapenemase genes (bla_IMP, bla_VIM, bla_NDM, bla_KPC, bla_GES, bla_OXA-48-like, and bla_OXA-23) was investigated by qPCR. Whole-genome sequencing (WGS) was performed by MiSeq (Illumina) and MinION (Nanopore) platforms. Fourier-transform infrared spectroscopy (IR Biotyper) was applied for microbial strain typing.

Results: Eleven patients were affected and a set of measures were implemented at NICU to reduce the risk of transmission. The isolates exhibited identical resistance patterns; additionally, all isolates presented the bla_NDM-1 gene and were grouped in the same cluster by IR Biotyper. The WGS revealed that the isolates belonged to a novel ST assigned as ST2712, and the bla_NDM-1 was carried by the same plasmid type.

Discussion: Our study has identified a novel strain of A seifertii carrying bla_NDM-1 responsible for the outbreak, indicating its emergence in the institution.

Conclusions: This is the first report of carbapenem-resistant A seifertii ST2712. The use of WGS for genomic surveillance allowed understanding the dissemination of Carbapenem-resistant A baumannii, which is crucial in outbreak scenarios.

Keywords: Infectious disease outbreaks; NDM-1 beta-lactamase; Plasmid.