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Au moment de la mort de son père, régent du jeune roi d'Écosse Jacques VI, le , le comté de Lennox passe à la Couronne. Le père du roi est en effet Henry Stuart, frère aîné de Charles, mort en 1567. Peu de temps après le titre de comte de Lennox échoit à Charles. Il encourt le déplaisir de la reine d'Angleterre Élisabeth Ire par un mariage précipité avec Elizabeth Cavendish, fille William Cavendish et de Bess de Hardwick, mariage conçu probablement à l'instigation de sa mère.
Le couple a un enfant, Arbella Stuart, qui ne peut prétendre hériter du comté de Lennox en raison de son sexe et surtout à cause de sa naissance en Angleterre. Elle épouse William Seymour, mariage resté sans descendance.