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身近な例では、[[爬虫類]]と[[鳥類]]の問題がある。鳥類には[[翼]]や[[羽毛]]という特異な派生形質があるため、鳥類を一つにまとめるのは当たり前に思える。また爬虫類と鳥類を分けることは一般の人々にとっても直感的にわかりやすい。他方、鳥以外の爬虫類は互いに共通の特徴が多いから、これをひとつの分類群にまとめるのもそれなりに無理がない。
 
しかし、これらの[[系統樹]]を作ると、鳥類は爬虫類の枝分かれの一つに位置することになる。いわば爬虫類の中のある群が特別に[[適応放散]]し、特徴的な進化を遂げたものにすぎない。したがって分岐分類学の立場では、爬虫類をまとめるならば、鳥類もそこに含まれなければならない。この立場からすると、翼・羽毛のような特定の形質だけを取り上げ、鳥類を爬虫類から除外するのは作為的な人為分類にすぎず、そのような分類は認めるべきではないと考える。
 
この他に側系統群の可能性があるものとして、たとえば[[ウシ目]]([[鯨目]]がこの中から分化した可能性が高い)などがある。