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: リゾートでの殺せんせー暗殺の直前、ロヴロを講師に迎え最後の訓練が行われ、渚はロヴロに「必殺技」を伝授される。
: 普久間島での暗殺は順調に進むが、終盤で殺せんせーが奥の手中の奥の手「完全防御形態」となったことで暗殺は失敗に終わった。さらに第三者勢力によって生徒の半数が未知のウイルスに感染させられてしまう(男子:岡島、杉野、前原、三村、村松、女子:神崎、倉橋、中村、原、狭間)。未感染の生徒達(同じ未感染の奥田と竹林を除く)は黒幕を倒して治療薬を奪取すべく、裏社会と繋がりのある「普久間殿上ホテル」への侵入作戦を決行する。潜入後はイリーナが警備員を引き付けるために一時離脱、烏間も黒幕が雇った殺し屋の毒ガスに倒れてしまうが、何とか黒幕の雇った3人の殺し屋([[#スモッグ|スモッグ]]・[[#グリップ|グリップ]]・[[#ガストロ|ガストロ]])を倒すことに成功する。最上階にたどり着いた一同だったが、黒幕の正体はE組を逆恨みしていた鷹岡だったことが発覚。さらに鷹岡は彼らの目の前でウイルスの治療薬を爆破し、怒りに燃える渚は彼と[[一騎討ち]]をすることになる。当初は実戦経験が豊富な鷹岡に圧倒された渚だったが、ロヴロから授けられた「必殺技」で見事鷹岡を倒すことに成功する。その後、生徒達に盛られたウイルスは殺し屋達の判断で食中毒菌を改良したタイプにすり替えられていたことが判明し、生徒達はホテルからの脱出に成功する。
: 夏休み最後の日は殺せんせーと生徒達は夏祭りを楽しむが、同時期にロヴロが[[#死神|死神]]に襲撃され、さらに南の島での暗殺の結果から殺せんせーの暗殺に成功した場合の賞金が300億円にアップされるなどE組の暗殺の環境が大きく変わり始めていた。
; {{Anchors|9月}}9月(第77話 - 第94話)
: 2学期が開始された矢先、[[#竹林孝太郎|竹林孝太郎]]が理事長の勧めで本校舎のA組に移籍していた事実が発覚する。さらに自分達を見下すような発言をした竹林に腹を立てたE組は竹林に真相を確かめに行くが、今の自分には暗殺よりも家族に認められる方が大事だという彼の発言に大半の生徒は何も言えなくなってしまう。そんな中、竹林は理事長から創立記念集会でE組を侮辱する内容のスピーチとE組管理委員会の設立をするように依頼される。一度は引き受けるが、帰宅中に殺せんせーに諭されたことで自らの本心を全校生徒の前で打ち明け、理事長室から持ち出した盾を自ら破壊しE組に戻る。
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: 期末試験が近づく中、理事長がA組の担任となるも、E組への憎悪を煽る異様な教育風景に危機感を感じた学秀はE組に「期末テストで学年上位を独占することで理事長の教育方針を壊してほしい」と依頼する。そしてテスト本番では多くの生徒が難易度の上がったテストに苦戦するが、E組の生徒たちは全員が学年50位以内に入ることに成功する。一方でA組の生徒たちに自身の教育方針を真っ向から否定された理事長は思考が暴走し、E組の校舎を半壊させ、殺せんせーに解雇通知を突き付け、互いの命を懸けた勝負を挑んでくる。勝負では当初こそ理事長がリードするも、殺せんせーからE組制度を通して本当に自分がやりたかったこと・成し遂げたかったことを指摘された理事長の心境は変化し、E組の存続を認める。
: しかし、冬休み直前、茅野が触手を出して殺せんせーを襲撃する事件が発生。彼女は自分がE組の元担任・雪村あぐりの妹・雪村あかりで姉の復讐のために今まで行動していたことを語り、殺せんせーに対決を要求する。対決では茅野は触手を発火させて殺せんせーを追い詰めるも、渚の秘策の前に我を取り戻す。そして殺せんせーは3月には自分は死ぬこと、そして自分はかつて「死神」と呼ばれていた殺し屋であることを明かし、自分の過去を語り始める。
: かつて「死神」として活動していた殺せんせーは、とある仕事で唯一の弟子(E組が出会った死神)に裏切られたことで、天才科学者・柳沢誇太郎が主任を務める研究所にモルモットとして捕らわれてしまった。そこで柳沢の「人体で反物質を生成する」研究の実験体として実験の日々を送ることになる。そんな中E組の前担任である[[#雪村あぐり|雪村あぐり]]と出会う。当初は実験とあぐりを利用して脱走を計画していた死神だったが、あぐりと接するうちに心境に変化が生じ、徐々に彼女と心を通わせていく。しかし実験の影響で死神の手足は変化して触手と呼ばれるようになる。3月になると月で同じ実験をしていたマウスが月ごと爆発したことで実験の欠陥が明らかになり、柳沢は殺せんせーを始末しようと行動を開始する。当の殺せんせーはこれを期に反物質の力を開放して脱走を図る。その圧倒的なスキルと触手に警備員がなすすべなく倒されていく中、彼を止めようとしたあぐりが触手地雷に貫かれて致命傷を負ってしまう。自分の力を後悔した死神は、彼女の最後の言葉を実行するために自ら弱くなることを望み、現在の姿となったのであった。
: これらの告白を機に、E組の皆は、全ての真相にたどり着き、自分たちの担任教師を実際に暗殺する任務を背負っているという事実に直面してしまう。その結果、冬休み間はE組からの暗殺を誰一人として実行できなかった。
; {{Anchors|1月}}1月(第142話 - 第153話)