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日本では、[[大日本帝国陸軍]]向けの毛皮採取を目的として導入されたが、第二次世界大戦終戦後で需要が激減したことに伴い、飼育されていた個体の多くが野外に放逐された<ref name="BookGH">{{cite book | 和書 | author = 村上興正・鷲谷いづみ(監修) [[日本生態学会]](編著) | title = 外来種ハンドブック | publisher = [[地人書館]] | date = 2002-09-30 | isbn = 4-8052-0706-X }}</ref>。また、[[1950年代]]の毛皮ブームでは本種の飼育が流行したが、その後の毛皮価格の暴落に伴い、このときも多数の個体が野に放たれ、野生化している。これらの子孫が各地で定着し、やはり[[特定外来生物]]の[[アライグマ]]と同様に、野外繁殖が問題となっている。[[岐阜県]]の[[可児川]]をはじめとした東海以西の西日本各地([[広島県]]、[[岡山県]]、[[大阪府]]、[[京都府]]、[[島根県]]、[[香川県]]と[[近畿地方|近畿]]・[[東海地方|東海]]の各府県)に分布が拡大している<ref name="BookJG"/>。[[茨城県]]、[[千葉県]]、[[埼玉県]]、[[神奈川県]]、[[滋賀県]]、[[石川県]]、[[福岡県]]などでも記録はあるが、継続的な生存情報はない<ref name="BookF"/>。
だが2019年9月28日に奈良県[[王寺町]]の河川敷で幼いヌートリアが目撃され今なお、生息個体数は把握できていない。
 
日本では侵略的[[外来種]]として問題になっており、[[イネ]]や[[オオムギ]]、葉野菜などに対する食害のほか、[[絶滅危惧種]]に指定されている[[ベッコウトンボ]]の生息地を壊滅させる<ref name="BookF"/>など、在来種の[[生態系]]への影響も深刻である。さらに、本種の巣穴は複雑に入り組んでいて深く、水田の[[畦]]や堤防が破壊される原因にもなっている<ref name="BookGH"/>。住宅の庭先への侵入や漁網を食い破る被害も、少ないながら発生している<ref name="R1">{{Cite journal|和書|author=[[曽根啓子]]|author2=[[子安和弘]]|author3=[[小林秀司]]|author4=[[田中愼]]|coauthors=[[織田銑一]]|year=2006| title=野生化ヌートリア(''Myocastor coypus'')による農業被害 ―愛知県を中心に―|journal=哺乳類科学 |volume=46|issue=2|url= https://doi.org/10.11238/mammalianscience.46.151|format=PDF|pages=p.p.151-159|accessdate=2012-07-21|ref=harv}}</ref>。