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菅原遺跡、円形建物構造補記
菅原遺跡、円形建物出典の表示情報少なく差替え、他は八角堂、回廊閉跡補記
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大仏造営中の天平21年([[749年]])、[[喜光寺]](菅原寺)で81歳で入滅。現在の[[奈良県]][[生駒市]]にある往生院で[[火葬]]後、[[竹林寺 (生駒市)|竹林寺]]に遺骨が納められ、[[多宝塔]]を建て墓所とした<ref name="瓶記" />。また、喜光寺から往生院までの道則を行基の弟子が彼の[[輿]]をかついで運搬したことから、往生院周辺の墓地地帯は別名「輿山」とも呼ばれている。また、朝廷より[[菩薩]]の諡号を授けられ、「行基菩薩」と言われる。その時代から行基は「[[文殊菩薩]]の化身」とも言われている。
 
行基が近畿地方に建立した寺(四十九院)の一つ、長岡院の候補とされる菅原遺跡(奈良市)では奈良時代の日本では類例のない円形構造の建物跡と回廊跡と塀跡が発掘された。柱穴15カ所による直径は約15メートルで円堂(他では八角堂)や[[多宝塔]]と推定し、[[元興寺文化財研究所]]は、行基を供養した建物跡の可能性があるとしている<ref>{{Cite news|author=|date=2021-05-2120|title=高僧・行基供養か、堂? 類例ない円形建物跡を発見 奈良時代では初 奈良・菅原遺跡|publisher=|newspaper=[[朝日新聞]]|url=https://www.asahi.com/articles/DA3S14911270ASP5N5HX3P3BPOMB00B.html|archiveurl=https://web.archive.org/web/2021052104530420210619053320/https://www.asahi.com/articles/DA3S14911270ASP5N5HX3P3BPOMB00B.html|archivedate=2021-0506-2119}}</ref>。
 
行基が迎えた菩提僊那は後の[[天平勝宝]]4年([[752年]])、聖武上皇の命により、東大寺大仏[[開眼供養]]の導師を勤めた。