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[[1999年]]1月に科学雑誌[[ネイチャー]]にハーバード研究チームの論文が掲載され、その論文のなかで「日本でシロナガスクジラの肉が売られている」と報告された。その根拠になったのは、[[大阪]]で販売されていた鯨肉から絶滅寸前の[[シロナガスクジラ]]の[[遺伝子]]が検出されたことであった。この報告により、国際学会は騒然となった。この個体は後にナガスクジラとシロナガスクジラとの交雑個体であった事が判明する<ref group="注">資料によっては、ナガスクジラとして調査捕鯨で獲られたという記述もある。</ref><ref>{{cite web|url=https://www.bbc.com/news/science-environment-44809115|title=Whale killing: DNA shows Iceland whale was rare hybrid |date=2018-07-20 |author=|website=[[BBCニュース]]|access-date=2023-10-30}}</ref>。
また、各種の個体数の激減によってナガスクジラとシロナガスクジラの生存数のバランスが崩れたり、互いに本来の同種同士の繁殖相手が（本来の状態よりも）見つかりにくく、両種の交配の増加による両種とくにより数が少ないシロナガスクジラへの圧迫が懸念されている<ref name=Hybrid>{{cite web|url=https://baleinesendirect.org/en/fin-blue-hybrids-a-new-challenge-for-blue-whale-conservation/|title=Fin-Blue Hybrids: A New Challenge for Blue Whale Conservation |date=2020-09-28 |author=Sarah Boureghda|website=GREMM|access-date=2023-10-30}}</ref><ref>{{cite web |author=Harry Baker |date=2024-02-06|url=https://www.livescience.com/animals/whales/hidden-hybrid-dna-found-in-blue-whales-reveals-theyve-been-mating-with-other-species-and-their-offspring-are-reproducing|title=Hidden DNA found in blue whales reveals they've been mating with other species — and their hybrid offspring |website=Live Science（[[:en:Live Science|英語版]]）|access-date=2024-02-06}}</ref>。
また、[[ザトウクジラ]]との間に求愛行動が発生していた様な観察事例も存在する<ref>{{cite web|url=http://megaptera14.blogspot.com/2014/08/just-2-weeks-to-go.html?fbclid=IwAR3jCfterfpL-pxPYzgjvwixDx4jtLv17NMykoKqliyU-IXYIebp5u0Y9Og |title=Just 2 weeks to go! |date=2014-08-12 |author=Zach Horton|website=|access-date=2023-10-30}}</ref><ref>{{cite web|url=https://www.instagram.com/p/wJ0bnGHgI_|title=Eye to eye! |date=2014-12-04 |author=ナン・ハウザー|website=[[Instagram]]|access-date=2023-10-30}}</ref>。
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