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1950年9月上旬、吉田は林を警察予備隊の指揮官に任命することを提案し{{sfn|Kowalski|Eldridge|2014|p=66}}、昭和天皇も、宮内庁次長としての実績を高く評価し、自らが信頼を寄せていた林を任命するよう吉田にその意向を伝えた{{sfn|鬼塚|2010|pp=231-240}}。ただ、この問題ではアメリカ側の各部の意見が分かれた。隊員募集を担当した{{sfn|Maeda|1995|p=25}}ウィロビー率いる参謀第二部は、服部ら旧軍将校に便宜を図って林の就任を阻止しようとしたものの、この考えはGHQ内の他の関係者にはこの意思が共有されていたわけではなかった。特に、予備隊の人事を担当した[[民政局]]（GS）{{sfn|Maeda|1995|p=25}}局長の[[コートニー・ホイットニー]]准将や、隊の創設・訓練養成に寄与した{{sfn|华|2014|pp=21-23}}民事局分室{{efn2|民事局分室（{{lang-en|Civil Affairs Section Annex}}、略称：CASA）は、{{仮リンク|軍事援助顧問団|en|Military Assistance Advisory Group|label=在日軍事援助顧問団}}（{{lang-en|Military Assistance Advisory Group Japan}}、略称：MAAGJ）の前身であり{{sfn|Yoneyama|2014|p=83}}、警察予備隊から陸上自衛隊への発展における組織、訓練、管理の役割を果たした{{sfn|华|2014|p=22}}。この組織は在日安全顧問部（{{lang-en|Safety Advisory Section Japan}}、略称：SASJ）、在日安全顧問団（{{lang-en|Safety Advisory Group Japan}}、略称：SAGJ）と二度の改称を経た後、軍事援助顧問団へと再び改称された{{sfn|Yoneyama|2014|pp=81-83}}。}}（CASA）室長の[[ホイットフィールド・シェパード]]少将、更に[[参謀第三部]]（G-3、作戦部）は共に、いずれも林への支持を表明した。林の指名はウィロビーの反対で1か月に亘って長引い遅れたが{{sfn|Kowalski|Eldridge|2014|pp=66-68}}{{sfn|Maeda|1995|p=31}}、指揮官を巡るその後のマッカーサーと吉田の何週間もの協議の末{{sfn|Welfield|2013|p=76}}、最終的に林が選ばれた{{sfn|Yoshida|Nara|Yoshida|2007|p=151}}。

1950年10月9日、林は警察予備隊における最高階級たる警察監が与えられ、10月23日には正式に警察予備隊中央本部長として指揮官に任命された{{sfn|Kuzuhara|2006|p=99}}{{sfn|葛原|2006|p=83}}。12月29日、警察予備隊の司令部である中央本部が総隊総監部に改名され、その職名も臨時の名称であった中央本部長から総隊総監へと変更された{{sfn|真田|2010|p=144}}{{sfn|Japan Military Review|1992|p=136}}。林のほかにも、副総監や[[師団#管区隊体制の時代|管区隊]]等160人が任命され{{sfn|葛原|2006|p=83}}、中枢ポストの大部分を旧内務省出身者や警官が占めたため{{sfn|真田|2010|p=144}}、予備隊、更にはその後の陸上自衛隊における旧陸軍軍人や[[右派]]の影響力は削がれることとなり、服部ら旧軍将校は林を「内務軍閥」と称した{{sfn|华|2014|p=24}}。

[[File:Hayashi Keizo.JPG|thumb|250px180px|保安隊の制服を身に着ける林（保安庁第一幕僚長任期中）<br />（1953年10月7日撮影）]]

1952年4月28日、[[サンフランシスコ平和条約]]が発効し、日本は主権国家としての地位を回復した。[[第3次吉田内閣 (第3次改造)|吉田内閣]]は、警察予備隊と[[海上警備隊]]（現・[[海上自衛隊]]）の管理の統合を図るため、国防機関として{{sfn|王|吴|2003|p=116}}[[保安庁]]（現・[[防衛省]]）を政府内に設置する構想を取り纏めた{{sfn|趙|2008|p=56}}。林と当時の[[增原惠吉]]警察予備隊本部長官は、第二次世界大戦中の日本の陸海軍間の[[軍種対立]]を繰り返さないためにも、陸海双方を一元化された組織下に置くことを提唱したが、旧[[大日本帝国海軍|海軍]]出身の海上警備隊員は、組織の一体化によって予備隊の中で規模の小さい海上部隊が制約を受けることを恐れて難色を示した{{sfn|趙|2008|p=56}}。最終結果的には林と增原の主張が実現し、保安庁は同年8月1日に正式に発足した{{sfn|王|吴|2003|p=116}}{{sfn|华|2014|p=29}}。

保安庁の発足に伴い、警察予備隊は保安隊へ改組され、林の総隊総監の職名も、[[陸上幕僚長]]の前身であり、保安隊の司令部となである[[第一幕僚監部]]を統括する保安庁第一幕僚長へと改称された。9月には、日本の長期的な防衛力整備計画を策定するため、第一幕僚長、第二幕僚長（現・[[海上幕僚長]]）、保安庁次長、局長、課長級の人員で構成される制度調査委員会が保安庁内に発足した{{sfn|趙|2008|p=58}}。第一幕僚長任期中は、[[幕僚監部]]管轄下の組織が拡充されたほか、警察予備隊時代から存在した管区隊や直属部隊に加え、より大規模な[[北部方面隊]]や、幹部を養成する[[保安大学校]]{{sfn|华|2014|p=30}}、[[航空科 (陸上自衛隊)|パイロット]]を訓練する[[保安隊航空学校]]も同年に創設された{{sfn|赫|关|姜|1988|p=189}}。

1954年7月1日に自衛隊と防衛庁が発足すると、保安隊及び[[警備隊 (保安庁)|警備隊]]はそれぞれ[[陸上自衛隊]]及び[[海上自衛隊]]へ改組され、新たに[[航空自衛隊]]が発足した。同時に、陸海空三大部隊の上に統合参謀本部に当たる[[統合幕僚会議]]（統幕会議）が設置され{{sfn|华|2014|p=54}}、初代[[統合幕僚会議議長|議長]]には林が就任したが{{sfn|Welfield|2013|p=406}}、。これは自衛官の最上位であり、諸外国の陸海空軍参謀総長に相当する地位であった{{sfn|孙|1992|p=812}}{{sfn|郭|1966|p=64}}。林の指導の下、統幕会議は防衛庁長官の補佐機関として、三大部隊の統合防衛計画や後方補給計画、訓練計画の統一的な策定を支援する一方、陸海空各幕僚監部（各軍種参謀部）の作成する関連計画、自衛隊出動時の指揮命令の進行調整、[[ミリタリー・インテリジェンス|国防関連機密]]の収集、調査も担当した{{sfn|防衛研究会|1966|pp=255-256}}。

[[File:Japanese Defense Agency 1954.jpg|thumb|470px|left|470px|[[防衛庁]]開庁式に出席する林（中央）<br />（1954年7月撮影）]]

林は議長として幕僚業務の指揮を執るだけでなく、日本の対外防衛協力や交流活動にも参加した。自衛隊発足直後、防衛庁は[[ミサイル]]開発と研究を重要議題と位置づ付け、1954年8月には{{仮リンク|軍事援助顧問団|en|Military Assistance Advisory Group|label=在日軍事援助顧問団}}団長の{{仮リンク|ジェラルド・J・ヒギンズ|en|Gerald J. Higgins|label=ジェラルド・ヒギンズ}}少将と会談し、ミサイル攻撃への対応を学ぶため自衛隊の隊員をアメリカに派遣することについて意見交換を行い{{sfn|岡田|2009|pp=25-29}}、9月には[[アメリカ国防総省]]の招きで訪米。{{仮リンク|チャールズ・アーウィン・ウィルソン|en|Charles Erwin Wilson|label=チャールズ・ウィルソン}}国防長官、[[アーサー・W・ラドフォード|アーサー・ラドフォード]]統合参謀本部議長ら高官と[[ワシントンD.C.]]でハイレベル戦略会議を開き、[[在韓米軍]]再配備後の日本の実質的な防衛{{sfn|Hsinhua News Agency|1954|p=75}}や両国の合同軍事演習等の議題について討論を行ったほか、林も自衛隊の戦力増強のため、アメリカに大量の[[ジェット機]]や[[駆逐艦]]の供与を要請した{{sfn|Hsinhua News Agency|1954|p=170}}。1956年に日米が初めて[[戦域|戦域レベル]]の合同軍事演習を行った際には、東京の{{仮リンク|極東司令部 (アメリカ合衆国)|en|Far East Command (United States)|label=米軍極東司令部}}で作戦企画副参謀長を務める[[アーサー・トルドー]]中将と共に、それぞれ日米側の責任者を務めた{{sfn|Trudeau|1986|p=271}}。

1950年代後半になると、日本はアメリカの影響下で[[第一世界|西側防衛体制]]における重要な同盟国となった。林は統幕議長在任中、他の同盟国との関係の緊密化を図るため、これらの国々を訪問した{{sfn|Lowe|2010|p=138}}{{sfn|郭|1966|p=64}}。1957年5月5日から16日にかけて、[[イギリス政府]]の招きで、[[ロンドン]]の[[イギリス軍|英陸海空軍]]の各部隊や装備を視察した{{sfn|Japan Society of London|1957a|p=31}}。日本の高級将校がイギリスを公式訪問したのは、1937年に[[本間雅晴]]中将が[[ジョージ6世 (イギリス王)|ジョージ6世]]の戴冠式に出席して以来のこと{{sfn|Japan Society of London|1957b|p=11}}。イギリスでの滞在を終えた後、5月21日に[[西ドイツ]]の首都[[ボン]]に向かい、翌日、[[フランツ・ヨーゼフ・シュトラウス]]軍部大臣、[[アドルフ・ホイジンガー]]連邦軍総監らと、戦後初となる日独両軍の長による会談を行った{{sfn|新华社|1957|p=34}}{{sfn|Reuter|1957|p=12}}。会談後、両者は共同で軍事に関する交流を行うことで合意した{{sfn|Society for the Prevention of World War III|1957|p=49}}。2年半後の1959年11月14日、15日には{{sfn|Foreign Broadcast Information Service|1959b|p=AAA 4}}、日本の軍事代表として{{sfn|Foreign Broadcast Information Service|1959a|p=BB 9}}[[フィリピン]]の[[バギオ]]に赴き、[[アメリカ太平洋軍]]の{{仮リンク|ハリー・D・フェルト|en|Harry D. Felt|en|label=ハリー・フェルト}}上将が主催のする多国軍事会議に出席し、フィリピン軍参謀総長の{{仮リンク|マヌエル・F・カバル|en|Manuel F. Cabal|label=マヌエル・カバル}}中将、中華民国参謀総長の[[彭孟緝]]上将、[[東南アジア条約機構]]加盟国の軍事指導者らと会談し{{sfn|Foreign Broadcast Information Service|1959b|p=AAA 4}}{{sfn|Foreign Broadcast Information Service|1959c|p=AAA 12}}、[[西太平洋]]地域における軍事同盟の発展に努めた{{sfn|Foreign Broadcast Information Service|1959a|p=BB 9}}。

林は自衛隊の長という地位にこそあれ、統幕会議自体が単なる協議機関に過ぎなかったため、就任当初は[[統合作戦]]を指揮する権限を有していなかった{{sfn|华|2014|pp=199-200}}。1961年、防衛二法の改正によって統幕会議の権限が強化されると、議長には作戦時に動員中の自衛隊に対して命令を下す権限が与えられた。また、統合作戦における[[統合任務部隊 (自衛隊)|統合任務部隊]]に対する指揮権や防衛庁長官の命令を執行する権限も拡大された{{sfn|防衛省|2010}}{{sfn|Oriki|2014|p=16}}。林

その後も統幕議長を務め、最終的には1964年8月までの10年間、統幕議余りに亘る長期体制を務め築くこととなった{{sfn|Japan Military Review|1992|p=136}}{{sfn|Auer|1973|p=279}}。在任期間としては最長であり、文民出身の唯一の議長でもあった。後任の数十人の議長は経験を積んだ軍人であり{{efn2|1964年に林の後任となった第2代議長の[[杉江一三]]海将、続く[[天野良英]]陸将、[[牟田弘國]]空将、[[板谷隆一]]海将、[[衣笠駿雄]]陸将、[[中村龍平]]陸将、[[白川元春]]空将、[[鮫島博一]]海将は、いずれも戦前、日本軍において佐官級の経験があった{{sfn|Welfield|2013|p=406}}。1987年に最後の旧日本軍出身の議長である[[森繁弘]]が退任した後は、議長は全て自衛官出身で、その殆どが[[防衛大学校]]の卒業生であった{{sfn|Frühstück|2007|p=42}}{{sfn|前田|1994|p=62}}。}}、その任期は概ね1年から3年程度である{{sfn|小川隆行|2015|p=109}}{{sfn|Auer|1973|p=117}}。

1964年、林は統幕議長の職を辞し、直ぐ後に自衛隊を退官した。[[軍隊の階級|最終階級]]は[[統合幕僚会議議長たる陸将|陸将]]{{Refnest|name="陸将"|group="注"}}。自衛隊を退任後いてからも公務に積極精力的に関わり活動を続け、[[日本住宅公団|日本住宅公団]]総裁]]（1965年8月1日 - 1971年3月31日）、[[自治医科大学|自治医科大学]]理事長]]（1973年）<!--現代日本人名録296頁 同 山田正男-->、[[日本赤十字社|日本赤十字社]]理事]]（1977年4月1日）、同社長（1978年4月1日 - 1987年3月31日）、同名誉社長{{sfn|Japan Military Review|1992|p=136}}、[[日本善行会|日本善行会]]会長]]（1983年7月 - 1990年7月）等の職を歴任した<ref>{{cite web|title=沿革|author=一般社団法人日本善行会|url=http://www.zenkoukai.or.jp/aboutz/enkaku.html|archiveurl=http://web.archive.org/web/20150901102632/http://www.zenkoukai.or.jp/aboutz/enkaku.html|accessdate=2015-07-06|archivedate=2015-09-01}}</ref>。

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