Avian nephritis virus (ANV), which belongs to the family Astroviridae, is associated with different clinical manifestations (enteric and kidney disorders) in poultry. Despite being a significant pathogen of the avian industry worldwide, information regarding genetic features of these viruses in India is scarce. In this study, 386 intestinal samples collected from 37 slaughterhouses in two north Indian states (Rajasthan and Haryana) were screened for ANV with reverse transcription PCR (RT-PCR) targeting the conserved ORF1b gene, followed by nucleotide sequencing of the amplified product. RT-PCR and sequencing confirmed the presence of ANV in 32 clinical samples (8.29%), with concurrent infections of infectious bronchitis virus, chicken astrovirus, and fowl adenoviruses observed in some clinical samples (n = 4). Virus isolations were successful from four out of 12 ANV-positive clinical samples passaged via the yolk-sac route in specific-pathogen-free embryonated chicken eggs. Additionally, the near-complete genomes of two viruses were determined through sequencing. Phylogenetic analysis based on full-length capsid protein sequences classified the viruses into ANV genotype 4 (ANV4), and to the best of our knowledge this is the first report of ANV4 from India. This study revealed the presence and circulation of new strains of ANV in Indian poultry. Genetic profiling and isolation of the viruses in this study will not only aid in the development of diagnostic tools and vaccines for ANV but also offer valuable insights into its epidemiology.
Primer aislamiento y caracterización genética del virus de la nefritis aviar 4 en la avicultura comercial de la India El virus de la nefritis aviar (ANV), que pertenece a la familia Astroviridae, se asocia con diferentes manifestaciones clínicas (trastornos entéricos y renales) en la avicultura. A pesar de ser un patógeno importante de la industria avícola en todo el mundo, la información sobre las características genéticas de estos virus en la India es escasa. En este estudio, se analizaron 386 muestras intestinales recolectadas en 37 plantas de procesamiento en dos estados del norte de la India (Rajasthan y Haryana) para detectar al virus de la nefritis aviar mediante un método de RT-PCR dirigido al gene conservado ORF1b, seguido de la secuenciación de nucleótidos del producto amplificado. El método de RT-PCR y la secuenciación confirmaron la presencia del virus de la nefritis aviar en 32 muestras clínicas (8.29%), observándose infecciones concurrentes por el virus de la bronquitis infecciosa, astrovirus del pollo y adenovirus de las aves en algunas muestras clínicas (n = 4). Los aislamientos del virus tuvieron éxito en cuatro de las 12 muestras clínicas positivas para el virus de la nefritis aviar inoculadas a través de la ruta del saco vitelino en huevos de gallina embrionados libres de patógenos específicos. Además, se determinaron los genomas casi completos de dos virus mediante secuenciación. El análisis filogenético basado en secuencias completas de proteínas de la cápside clasificó los virus en el genotipo 4 del virus de la nefritis aviar (ANV4) y hasta donde se sabe, este es el primer informe del virus de la nefritis aviar 4 en la India. Este estudio reveló la presencia y circulación de nuevas cepas del virus de la nefritis aviar en la avicultura comercial de la India. El perfil genético y el aislamiento de los virus en este estudio no solo ayudarán en el desarrollo de herramientas de diagnóstico y vacunas para el virus de la nefritis aviar, sino que también ofrecerán información valiosa sobre su epidemiología.
Keywords: avian nephritis virus; concomitant infection; enteric virus; genetic typing; virus isolation.