Уповноважений представник групи «Незалежні» (липень 1998 — березень 2000 років). Голова підкомітету з питань депутатської етики Комітету з питань регламенту, депутатської етики та організації роботи Верховної Ради України (з липень 1998 — квітень 2001), член Комітету з питань аграрної політики та земельних відносин (з квітня 2001 року).
22 червня 2002 року Верховна Рада України за поданням Генерального прокурора України [[Потебенько Михайло Олексійович|Михайла Потебенько]] дала згоду на притягнення Агафонова до кримінальної відповідальності. Йому інкримінувалось присвоєнняпривласнення понад 24 мільйонів доларів США в результаті встановлених фактів розкрадання державних коштів, приховування валюти, неконтрольованого витрачання державних коштів на оплату навчання за кордоном родичів і придбання майна, наявність банківських рахунків за кордоном та бартерних договорів з іноземними компаніями, які будувалися на «подвійній бухгалтерії».<ref>{{cite web|url=http://www.ukrinform.ua/ukr/news/verhovna_rada_dala_zgodu_na_prityagnennya_do_krimnalno_vdpovdalnost_ta_aresht_narodnogo_deputata_agafonova_29407|title=Верховна Рада дала згоду на притягнення до кримінальної відповідальності та арешт депутата Агафонова|coauthors=Лариса Козіна, Уляна Кожух|date=22 червня 2000|publisher=УКРІНФОРМ|accessdate=25 березня 2015|archiveurl=https://www.webcitation.org/6XInbL7wr?url=http://www.ukrinform.ua/ukr/news/verhovna_rada_dala_zgodu_na_prityagnennya_do_krimnalno_vdpovdalnost_ta_aresht_narodnogo_deputata_agafonova_29407|archivedate=25 березня 2015|мертвий-url=yes}}</ref>
