Клуб створив 2006 року директор Лебединського насіннєвого заводу (ЛНЗ) Дмитро Кравченко. Команда виступала в чемпіонаті й Кубку Черкаської області та проводила домашні матчі на Центральному стадіоні в Шполі.[2]. Першим тренером команди був Петро Славінський, який очолював її з 2006 по 2011 рік включно[3].
У 2009 році клуб досяг першого найбільшого успіху, вигравши золоті медалі в чемпіонаті та ставши фіналістом кубка області. У 2011 році він знову став чемпіоном області.
У 2012 році тренером став Василь Гречаний, і того ж року став з командою срібним призером та фіналістом кубка.
У 2013 році клуб змінив свою назву на «ЛНЗ-Лебедин» і стала представляти село ЛебединШполянського районуЧеркаської області. У 2016 та 2017 роках команда знову виграла чемпіонат області.
У сезоні 2018/19 команда змагалася в Аматорському чемпіонаті України, дійшовши до 1/2 фіналу , де за сумою двох матчів поступився ВПК-Агро (3:1, 0:2). У тому ж сезоні 2018/19 клуб дебютував у Кубку України. Там у першому раунді «ЛНЗ-Лебедин» несподівано пройшов професіональне «Полісся» (Житомир) у серії пенальті, але у наступному раунді також у серії пенальті поступився «Гірнику» (Кривий Ріг)[5].
У 2020 році клуб змінив назву з «ЛНЗ-Лебедин» на ЛНЗ, а на початку 2021 року змінив лебединську прописку на черкаську та презентував новий логотип, паралельно подавши заявку на набуття професіонального статусу[6].
У сезоні 2022/23 ЛНЗ посів третє місце у Першій лізі та потрапив до перехідних матчей за право грати в УПЛ. Суперником черкащан став «Інгулець» з Петрового. За підсумками двохматчевого протистояння ЛНЗ здолав свого опонента: перший матч завершився з рахунком 1:1, матч-відповідь — перемогою черкащан 2:1. Таким чином, ЛНЗ став першим клубом із Черкас, який вийшов до вищого дивізіону чемпіонату України
Сезон 2023/24
Дебютний сезон у чемпіонаті України ЛНЗ розпочав із поразки у домашньому матчі проти «Чорноморця» (0:2). Однак вже через тиждень, 5 серпня, підопічні Олександра Ковпака здобули свою історичну перемогу у вищому дивізіоні — на виїзді обіграли «Минай» з розгромним рахунком 3:0. Після 4-го туру керівництво ЛНЗ звільнило Олександра Ковпака, а на його місце запросило білоруського спеціаліста Олега Дулуба. З приходом 57-річного спеціаліста черкасцям вдалося розписати мировую нічию з СК Дніпро-1 (0:0) та на своєму полі обіграти львівський «Рух» (2:1). За підсумками сезону черкасці посіли сьоме місце з 41 заліковими пунктами. Кращим бомбардиром команди став Владислав Наумець, який відзначився п'ятьма забитими голами.