Cuando el pacífico líder de los mutantes Charles Xavier tiene un enfrentamiento con su belicoso colega, Magneto, se crean los frentes de batalla de una guerra destinada a acabar con todas las guerras en esta asombrosa aventura de los X-Men.
Tras matar a Xavier y liberar a malvados mutantes, Magneto usa a una Jean Grey resucitada, ahora Fénix, la mutante más poderosa de todas, contra los X-Men. Mientras Logan recluta a miembros del equipo original de Xavier y hace frente a una relación incipiente con Tormenta, Pícara y Hombre de Hielo se van haciendo un hueco como el futuro de los X-Men.